طبق گزارش  نیمه اول سال 2019 پایگاه رتبه‌بنديWebometrics، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی با ارتقاء  116 پله ای نسبت به سال قبل ، رتبه 819 جهان را به دست آورد. همچنین به گزارش مدیریت رتبه یندی و اعتباربخشی این معاونت، رتبه دوم کشوری در دانشگاهای علوم پزشکی متعلق به دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی است.

هدف نظام رتبه‌بندی (Webometrics) ، بررسی میزان اثر‌گذاری و حضور علمی دانشگاه در فضای سایبر است. لذا دانشگاه‌های پزشکی و غیر پزشکی دنیا را بر اساس شاخص حضور در دنیای مجازی (وب) رتبه‌‌بندی می‌كند. این رتبه‌‌بندی  توسط آزمایشگاه سایبرمتریک(Cybermetrics)  انجمن ملی تحقیقات اسپانیا صورت می‌پذیرد و شامل پایگاه ‌داده‌های بیش از 28000 هزار موسسه ، دانشگاه و مراکز تحقیقاتی است.